真核细胞和原核细胞的根本区别
总的来说主要是两点区别，第一是细胞膜系统的分化与演变。真核细胞以膜系统的分化为基础，首先分化为两个独立的部分——核与质，细胞质内又以膜系统为基础，分隔为结构更精细，功能更专一的单位——各种重要的细胞器。细胞内部结构与职能的分工是真核细胞区别于原核细胞的重要标志。
第二是遗传信息量与遗传装置扩增与复杂化。真核细胞结构与功能复杂化，遗传信息量随之扩增。遗传信息重复序列以染色体多倍性的出现是真核细胞区别于原核细胞的另外一个重大标志。遗传信息的复制转录与翻译的装置和程序也相应复杂化；真核细胞内遗传信息的转录与翻译有严格的阶段性与区域性，而在原核细胞内转录与翻译可同时进行，这也是两者区别的重要特征。
真核细胞的体积比起原核细胞要大得多，真核细胞内有一个比较复杂的骨架系统，对维持细胞的形态结构对细胞内部一系列功能起着十分重要的作用。而在原核细胞中至今没有发现明显的骨架系统。
真核细胞与原核细胞的结构与功能
从生物膜系统的分化与演变上来说，真核细胞的膜系统首先将细胞分化为核与质，两个部分双层核膜将遗传物质以及其复制与转录过程局限在一个独立区域与微环境中，而蛋白质合成能量代谢与供应以及其他一系列代谢过程均在细胞质内进行，细胞质又进一步分化出结构与功能专一的各种细胞器。
真核细胞建立在细胞内膜系统分化基础上的内部结构与功能的区域化与专业化是细胞进化过程中的一次重大飞跃，导致了遗传装置的扩增与基因表达方式的相应变化，原核细胞则不具备这种条件。
随着细胞体积的增大与细胞内部结构的复杂化，细胞内部要有空间上的合理布局，必然需要有一个精密的支架，细胞骨架可能主要承担了这个角色，这些支架网络保证了细胞形态结构的合理排布与执行功能的有序性。所有这些都是原核细胞所不具备的，所以这是两种细胞结构与功能的主要不同。
原核生物比真核生物更能适应不利环境的原因
如果把真核细胞作为一个自动化较高的“工厂”，而原核细胞就像结构简单，但是职能上却是“多面手的作坊”，所以自动化“工厂”的适应环境能力远远不及“多面手的作坊”，这是第一条原因。
第二，虽然高等植物有结构与功能专一和进化高级的特点，但是在特定条件下，它的适应能力并不比原核细胞有特殊的优越性，主要原因是高等植物生存易受到各种不利环境的影响，甚至危及生存。
第三，几乎在地球的每个角落都有原核生物的存在，原核细胞的个体数量也远比真核生物多。
第四，从细胞起源与进化的观点分析，原核细胞比真核细胞更为原始，早在30多亿年前，地球上就出现了原核细胞，而真核细胞仅在12~16亿年前才在地球上出现。
真核细胞是由原核细胞进化而来，而且由于原核生物的繁衍，在地球表面积累了大量的氧气，为真核细胞的起源与生存准备的条件，所以原核细胞它的生存能力和适应性远远强于真核细胞。
